서울 캠퍼스와 통합운영해온 대학원은 교수구성에 따른 양 캠퍼스의 특성이 차별화 됨에 따라 1999년부터 분리운영되고 있다.

「국제상무」전공이 교수구성과 대학원생 요구 등으로 자연스럽게 특성화 되었고 국제 상무분야 가운데서도 무역관습 및 계약, 관세, 전자무역 분야 등에 특화하여 교육 및 연구가 이루어지고 있다.

이러한 성과와 실적이 바탕이 되어 2005학년도 제 2학기부터 서울캠퍼스와 독립된 학과체제로 운영되면서 오늘에 이르고 있다